那曲县属藏北高原，全县平均海拔高约4500多米。境内多山，但坡度较为平缓，多数山呈浑圆状，属高原丘陵地形。境内为终年积雪、人迹罕至的高原冰川型雪山，山势险峻。境内主要有西南的桑登康桑山脉、西北的那木热阿山脉、东南的贡嘎瓦嘎玛山脉和东部的色如山脉、可热阿山脉等。这些山峰均属念青唐古拉山脉的分支山脉或余脉。境内最高山峰为桑登康桑山峰，其海拔约6500米，主峰距那曲镇南100公里。贡嘎瓦山峰，劳普写嘎成山峰、色如拉根山峰等也属终年积雪山峰，海拔高度均在5500米以上。那曲县城海拔4510米左右。那曲站海拔在4520米左右。